Alex, Marty e outros animais do jardim zoológico do Central Park encontram uma maneira de fugir para Madagascar quando os pinguins montam um avião destruído. A embarcação precária fica no ar apenas o suficiente para chegar ao continente africano. Na África, os habitantes de Nova York encontram suas próprias espécies pela primeira vez. Quando o continente revela-se um lugar selvagem, Alex e seus companheiros se perguntam se ficar por lá é melhor do que em seu lar no Central Park.
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